全國臺灣研究會下設三個機構,即:聯絡部、研究部、綜合部。
研究部負責臺灣政局與兩岸關系的形勢分析并提供研究報告;承擔各部門委托的研究課題,規劃本會年度課題;審核學術著作出版的資助;編輯出版臺灣年鑒及其他學術研究成果;組織涉臺科研成果的評獎活動。